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Small RNA-Seq analysis
解析概要
Small RNA-Seqデータを使用して、miRNAなどのsmall RNAの発現を解析します。
解析の流れ
解析仕様
| 使用機器 | Illumina NovaSeq |
| データ量 | 1,000万リードペア/検体 |
解析メニュー
【リファレンスゲノムマッピング・既知miRNAの発現解析】
Small RNA-Seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングし、既知miRNAの発現頻度を算出します。標準解析では、検体間・群間のFold Change算出まで実施します。
Small RNA-Seqのリードをリファレンスゲノムにマッピングし、既知miRNAの発現頻度を算出します。標準解析では、検体間・群間のFold Change算出まで実施します。
【miRbase相同性検索・推定miRNAの発現解析】
Small RNA-Seqのリードの同一配列を集計し、既知miRNAとの相同配列検索を行います。
得られた推定miRNAについて、リードカウント情報を基に発現頻度を予想し、検体間・群間比較を行いFold Changeを算出します。
Small RNA-Seqのリードの同一配列を集計し、既知miRNAとの相同配列検索を行います。
得られた推定miRNAについて、リードカウント情報を基に発現頻度を予想し、検体間・群間比較を行いFold Changeを算出します。
【有意差検定】
群間におけるmiRNA発現変動の有意差検定を行います。（n≧3 推奨）
群間におけるmiRNA発現変動の有意差検定を行います。（n≧3 推奨）
サンプル必要量
| 提供サンプル種別 | 総量 | 濃度 | 液量 |
| total RNA | 2 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 |
| Small RNA | 60 ng 以上 | 2 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 |