Multiomics Analysis

最大 8,000 種類の タンパク質を同定・比較定量を行うことができる高度なプロテオーム解析と、トランスクリプトーム解析(RNA-Seq)を組み合わせたリーズナブルなオミックス解析をご提案いたします

※ 本サービスは、株式会社かずさゲノムテクノロジーズと提携しています。

 

1つのサンプルから2つの解析を実現

次世代プロテオミクスと称されている分析深度、定量性に優れたDIAプロテオミクス技術により、キナーゼや転写因子などの微量タンパク質の観測が可能となりました。
より網羅的な解析としてトランスクリプトーム解析(RNA-seq)と組み合わせたオミックス解析をリーズナブルな価格にてご提案いたします。

DIAプロテオーム解析の特徴

  • 分析深度:微量タンパク質や微量ペプチドを検出できることから分析深度の高い測定が可能
  • 定量性:分子量が類似するペプチドが同じ溶出時間に検出されても区別可能

 

深度により選べる DIAプロテオーム解析

高深度DIAプロテオーム解析により 8,408タンパク質を検出

高深度 DIA プロテオーム解析を実施する意義
HEK293 細胞を用いて高深度 DIA プロテオーム解析で観測されたタンパク質のダイナミックレンジを示す。
本解析では HEK293 細胞から約 8400 種類のタンパク質が観測された( 同定の閾値:Protein FDR < 1%,Peptide FDR < 1% )。一般的なプロテオーム解析を想定して、発現量の多い 3000 タンパク質からキナーゼならびに転写因子の数を調べるとキナーゼが 108 種類、転写因子が 243 種類であった。それに対して観測された全タンパク質ではキナーゼが 451 種類、転写因子が 1023 種類と格段に増加した。このことから、キナーゼや転写因子を含めた微量タンパク質を対象とする場合に高深度 DIA プロテオーム解析を行うことに大きなアドバンテージがある。

 

検出遺伝子数の比較

DIAプロテオーム解析で検出された遺伝子数はRNA-Seqで検出された遺伝子数のおおよそ 6割以上をカバー

RNA-Seq とプロテオーム解析で観測された mRNA とタンパク質をコードする遺伝子の重複
RNA-Seq と Q-Eactive HF-X 導入以前のデータ依存型分析法(DDA)によるプロテオーム解析(左図)と RNA-Seqと本受託サービスの Q-Eactive HF-X を用いた高深度 DIAプロテオーム解析(右図)との比較を示す。分析したサンプルは HEK293F 細胞を用い、RNA-Seq とプロテオーム解析のそれぞれの解析で用いたデータベースに共通して存在した遺伝子のみを対象とした。以前のプロテオーム解析では RNA-Seq で観測できる遺伝子数との差が大きかったが、本受託サービスの高深度 DIAプロテオーム解析ではその点が大きく改善され、マルチオミクス解析を行う上で対象となる分子が大幅に増加した。

 

マルチオミックス解析価格一覧

※価格はすべて税別表示
アプリケーション 納期 検体数 価格(/検体)
サンプルの前処理 タンパク質画分と RNA 画分の分離、精製、QC
提供サンプル:TRIzol ( ThermoFisher 社 )で懸濁したサンプル( 細胞、組織 )
必要サンプル量は、各種アプリケーション内の「必要サンプル量」を参照
1週間以内 ¥30,000
アプリケーション 納期 検体数 価格(/検体)
トランスクリプ
トーム解析

3′ RNA-Seq
内容:mRNA の 3′ 末端配列決定
読取リード長:HiSeq 50 bp or NextSeq 75 bp
読取方法:シングルリード
ライブラリ調製方法:QuantSeq ( Lexogen 社 )
取得リード数:100万リード / 検体
必要サンプル量:Total RNA 2 ug 以上(40 ng / uL 以上)、細胞 2 x105 個以上、
        組織( マウス肝臓 )1 mg 以上
8週間
¥70,000
2 ~ 5  ¥63,000
6 以上 ¥57,000
アプリケーション 納期 検体数 価格(/検体)

プロテオーム解析

※ サンプル種により
検出できるタン
パク質数は異な
ります。
※ 参考検出数は
HEK293細胞を
用いた系での
参考値となります
簡易 DIA プロテオーム解析によるタンパク質発現・相対定量解析
内容:発現タンパク質の同定ならびに相対定量解析
方法:LC – MS / MS ( DIA )
参考検出数:2,000~ 4,000 タンパク質
必要サンプル量:タンパク質 40 ug 以上、 細胞 5 x105 個 以上、組織 10 mg 以上、
        血清 / 血漿 1 uL 以上、 尿 200 uL 以上
4 週間
1 ~ 5 ¥156,000
6 ~ 10 ¥134,000
11 以上 ¥128,000
標準 DIA プロテオーム解析によるタンパク質発現・相対定量解析
内容:発現タンパク質の同定ならびに相対定量解析
方法:LC – MS / MS ( DIA )
参考検出数:4,000~ 6,000 タンパク質
必要サンプル量:タンパク質 40 ug 以上、 細胞 5 x105 個 以上、組織 10 mg 以上、
        血清 / 血漿 1 uL 以上、 尿 200 uL 以上
4 週間
1 ~ 5 ¥257,000
6 ~ 10 ¥229,000
11 以上 ¥209,000
高深度 DIA プロテオーム解析によるタンパク質発現・相対定量解析
内容:Gas phase fraction 法により作製した大規模なプロテイン・ペプチドライブラ
     リーを元にした発現タンパク質の同定ならびに相対定量解析
方法:GPF + LC – MS / MS ( ライブラリ作製用 )、LC – MS / MS ( DIA )
参考検出数:6,000~ 8,000 タンパク質
必要サンプル量:タンパク質 40 ug 以上、 細胞 5 x105 個 以上、組織 10 mg 以上、
           血清 / 血漿 1 uL 以上、 尿 200 uL 以上
4 週間
1 ~ 5 ¥372,000
6 ~ 10 ¥329,000
11 以上 ¥303,000
標準 DIA リン酸化プロテオーム解析によるタンパク質発現・相対定量解析
内容 :タンパク質消化物からリン酸化されたペプチドを濃縮し、同定ならびに相対定量解析
方法:LC – MS / MS ( DDA、ライブラリ作製用 )、LC – MS / MS ( DIA、相対定量解析用 )
参考検出数:4,000~ 8,000 リン酸化ペプチド断片
必要サンプル量:タンパク質 1 mg 以上、細胞 1 x10個 以上、組織 50 mg 以上
4 週間
1 ~ 5 ¥343,000
6 ~ 10 ¥300,000
11 以上 ¥291,000
高深度 DIA リン酸化プロテオーム解析による比較定量解析
内容:リン酸化ペプチドを濃縮後、Gas phase fraction 法により大規模なリン酸化ペプ
      チドライブラリーを作製。そのライブラリーをもとにリン酸化ペプチド同定なら
      びに相対定量解析
方法:GPF + LC – MS / MS ( DDA、ライブラリ作製用 )、 LC – MS / MS ( DIA、相対定量解析用 )
参考検出数:8,000~15,000 リン酸化ペプチド断片
必要サンプル量:タンパク質 1 mg 以上、 細胞 1 x10個 以上、組織 50 mg 以上
4 週間
1 ~ 5 ¥457,000
6 ~ 10 ¥403,000
11 以上 ¥379,000
ゲルバンド中のタンパク質同定   
方法:LC – MS / MS ( DDA )
必要サンプル量:タンパク質バンドが検出できていれば可能
4 週間
1 ~ 5 ¥128,000
6 ~ 10 ¥120,000
11 以上 ¥112,000
オプション クリーナップ処理
タンパク抽出物、体液、培養上清などの液体状のサンプルの場合は必須
納期に
影響せず
¥16,000
ヒト血清 / 血漿高存在量タンパク質14種類除去 & クリーナップ処理
必要サンプル量:血清 / 血漿 10 uL 以上
¥46,500
マウス・ラット血清 / 血漿アルブミン・IgG 除去 & クリーナップ処理
必要サンプル量:血清 / 血漿 10 uL 以上
¥46,500
ホルマリン固定パラフィン包埋( FFPE )組織からのタンパク質抽出
必要サンプル量:厚さ 10~ 20 um、表面 50 mm2 以上
( ホルマリン固定時間が 48 時間以下のサンプルのみお引き受け可能 )
¥46,500
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