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PacBio amplicon sequencing
解析概要
PacBioシーケンサーを使用したアンプリコンシーケンスでは、1～2kb程度のPCR産物の全長配列を決定することができます。
解析原理
PCR産物を断片化せずにライブラリ化し、SMRT Cellの小孔で1分子のcDNAを繰り返しシーケンスします。
1つの小孔で読まれたリードのコンセンサス配列をCCS（Circular Consensus Sequence）と呼びます。CCSはPCR産物の全長配列情報となります。
1つの小孔で読まれたリードのコンセンサス配列をCCS（Circular Consensus Sequence）と呼びます。CCSはPCR産物の全長配列情報となります。
解析の流れ
シーケンス仕様
| 機種 | お問い合わせください |
| データ量 |
解析メニュー
【CCS作成】
シーケンスデータからCCS（Circular Consensus Sequence）を作成します。
シーケンスデータからCCS（Circular Consensus Sequence）を作成します。
【リードカウント】
CCSを対象として同一配列を集計し、検出されている配列の種類、および各配列の出現数をカウントします。
CCSを対象として同一配列を集計し、検出されている配列の種類、および各配列の出現数をカウントします。