PacBio amplicon sequencing

Inquiry

PacBioシーケンサーを使用したアンプリコンシーケンスでは、1～2kb程度のPCR産物の全長配列を決定することができます。

PCR産物を断片化せずにライブラリ化し、SMRT Cellの小孔で1分子のcDNAを繰り返しシーケンスします。
1つの小孔で読まれたリードのコンセンサス配列をCCS（Circular Consensus Sequence）と呼びます。CCSはPCR産物の全長配列情報となります。

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データ量

【CCS作成】
シーケンスデータからCCS（Circular Consensus Sequence）を作成します。

【リードカウント】
CCSを対象として同一配列を集計し、検出されている配列の種類、および各配列の出現数をカウントします。

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