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Gene expression analysis (for organisms with a reference sequence available)

Inquiry

解析概要

リファレンス配列が利用可能な生物を対象に、RNA-Seqデータを使用した遺伝子発現解析を行います。
RNA-seq解析では、mRNAを効率良く解析するため、Total RNAの中で多くの割合を占めるrRNAの除去が重要です。
弊社では、ご提供いただくTotal RNAから、Oligo-dTビーズ または Illumina社 Ribo-Zero Plus キットによるrRNA除去を行って、mRNAの網羅的なシーケンスを行います。
※ リファレンス配列の無い生物の解析については De novoトランスクリプトーム解析のページをご覧ください。

解析の流れ

推奨データ取得量

 シーケンス仕様  Illumina 150PE
 データ量  2,000万リードペア / 検体
※ データ取得量は、最低1Gb/検体（330万リードペア/検体）から、1Gb単位の任意のデータ量でご利用可能です。

解析メニュー

【遺伝子発現解析】(標準解析)

RNA-Seqデータを使用して、遺伝子発現量（TPM値）を算出します。
標準解析では、検体間・群間のFold Change算出まで実施します。
有意差検定は別途オプションとなります。

＜ 特徴 ＞

● 遺伝子発現量の算出に特化した解析系
● 発現量はTPM値で算出
※ 本解析では、リファレンス配列に対するアライメント情報(BAMファイル)は出力されません。
※ アライメント情報(BAMファイル)をご希望の場合は、別途オプションでの添付も可能です。

＜ 納品データ例 ＞
■ 遺伝子発現テーブル

※ TPM値算出後、検体間・群間のFold Change算出まで実施いたします。有意差検定は別途オプションとなります。

■ 各種Figure（検体間の発現プロファイル比較）

【有意差検定】(オプション解析)

群間における遺伝子発現変動の有意差検定を行います。(n≧3 推奨)

＜ 納品データ例 ＞
■ 有意差検定結果

■ 各種Figure

【GO解析】(オプション解析)

発現変動遺伝子群と関連性の高いGO（Gene Ontology）を探索します。

＜ 納品データ例 ＞

※ ヒト・マウス以外の生物種の場合は事前にお問い合わせください。

【パスウェイ解析】(オプション解析)

発現変動遺伝子群と関連性の高い パスウェイ を探索します。

＜ 納品データ例 ＞

※ ヒト・マウス以外の生物種の場合は事前にお問い合わせください。

サンプル必要量

生物種 提供サンプル種別 総量 濃度 液量
真核生物 total RNA 600 ng 以上 20 ng/uL 以上 30 uL 以上
mRNA 100 ng 以上 3 ng/uL 以上 30 uL 以上
原核生物 total RNA 1.5 ug 以上 50 ng/uL 以上 30 uL 以上
mRNA 100 ng 以上 3 ng/uL 以上 30 uL 以上
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