ChIP-Seq analysis
解析概要
ChIP-Seqでは、ゲノム上の転写因子結合部位やヒストン修飾領域を網羅的に検出することができます。
解析の流れ
推奨データ取得量
| シーケンス仕様 | llumina 150PE |
| データ量 | 2,000万リードペア/検体 |
解析メニュー
【マッピング・ピーク検出】
リードをリファレンスゲノムにマッピングし、ピーク領域を検出します。
リードをリファレンスゲノムにマッピングし、ピーク領域を検出します。
マッピング結果
【検体間のピーク領域比較】
複数検体のピーク領域について、比較テーブルを作成します。検体間で共通したピークや、一方のサンプルで特異的なピークを抽出することができます。
複数検体のピーク領域について、比較テーブルを作成します。検体間で共通したピークや、一方のサンプルで特異的なピークを抽出することができます。
【モチーフ検索】
ゲノムワイドに得られたピーク領域の塩基配列を対象として、高頻度で出現する配列モチーフを検索します。
ゲノムワイドに得られたピーク領域の塩基配列を対象として、高頻度で出現する配列モチーフを検索します。
納品データ例：シーケンスロゴ
サンプル必要量
| 提供サンプル種別 | 総量 | 濃度 | 液量 |
| ChIP-DNA | 20 ng 以上 | 1 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 |
よくある質問と回答
Q：シングルリードのシーケンスはできますか
弊社では、Illumina 150bp ペアエンドシーケンスの乗り合い解析を行っていますので、基本的にはペアエンドシーケンスをご案内させていただきます。
弊社では、Illumina 150bp ペアエンドシーケンスの乗り合い解析を行っていますので、基本的にはペアエンドシーケンスをご案内させていただきます。
- ※ ペアエンドのRead1がシングルリードに相当します。
Q：コントロールサンプルは必要ですか
ChIP-Seqでは、バックグラウンドのノイズを除去するために、input DNAやIgG-ChIP DNAなどのコントロールサンプルをご用意いただくことを推奨いたします。
ChIP-Seqでは、バックグラウンドのノイズを除去するために、input DNAやIgG-ChIP DNAなどのコントロールサンプルをご用意いただくことを推奨いたします。
〇 input DNAサンプル
input DNAは、IP処理を行わずに断片化したゲノムDNAのサンプルです。DNA断片化やPCR増幅で生じるバイアスに由来したピークが得られ、バックグラウンドデータとして使用することができます。
〇 IgG ChIPサンプル
IgGのChIPを行ったサンプルでは、IgGへの非特異的な結合の情報が得られます。非特異的結合が少ない場合には、十分なDNA量を回収することができず、次世代シーケンス解析を行うことが困難になりますので、その場合には上記InputDNAをコントロールとしてご提供ください。