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オフターゲット検索 / 評価

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解析概要

アンチセンスオリゴヌクレオチド、siRNA、miRNAなどの、RNAをターゲットとする核酸医薬は、標的と類似した核酸配列へクロスハイブリすることにより、意図しない効果（オフターゲット効果）を生じる可能性があります。
本サービスでは指定配列のオフターゲット候補遺伝子検索と、マイクロアレイまたはRNA-Seqによる遺伝子発現解析の、2つのフェーズでオフターゲットの評価をサポートいたします。核酸医薬品の安全性と効果性の向上にお役立てください。

 

サービス内容

オフターゲット候補遺伝子検索

専用の配列検索ツール※を使用し、ご提供いただいた配列情報からオフターゲットとなる可能性の高い候補遺伝子を検索します。

  • ※ 高速塩基配列検索ツールGGGenomeを使用しています。
オフターゲット効果の評価

アジレントマイクロアレイ または イルミナシーケンサーを用いたRNA-Seqによって、網羅的な遺伝子プロファイリングを行います。
遺伝子発現データを取得後、オフターゲット候補リストと照らし合わせ、抑制程度をグラフに表します。

納品データ

マイクロアレイ / RNA-Seqの標準納品データに加え、下記の追加データを作成いたします。

内容 形式 詳細
・オフターゲット候補遺伝子リスト
 txt / xlsx 核酸医薬の配列から、GGGenomeを用いて検索したオフターゲット候補遺伝子のリスト
・核酸医薬品評価ビジュアルサマリー
 html オフターゲット候補遺伝子の発現挙動を表したグラフ（MAプロット、累積度数分布図）　下図

図　MAプロット（左）と 累積度数分布図（右）

必要サンプル

マイクロアレイ RNA-Seq
Total RNA 総量：500ng以上
濃度：50ng/μL以上
液量：10μL以上
※ Nuclease-free waterに溶解してください
※ スピンカラムタイプの精製キットを推奨（QIAGEN RNeasyシリーズ等）		 総量：600ng以上
濃度：20ng/μL以上
液量：30μL以上
※ Nuclease-free waterに溶解してください
RNA抽出オプションをご希望の方はこちら

 実験デザインについて
MAプロットや累積度数分布図は検体同士の比較が前提となりますので、最小で2検体のデータ取得が必要です。
コントロールサンプルはトランスフェクションのMockサンプル等を利用するのが一般的ですが、vs コントロールだけではなく、テスト検体同士の比較も可能です。

 

注文方法

ご注文の流れ

  • 　 1お問い合わせ
    まずは専用フォームよりお問い合わせください。
    実験デザインや解析方法についてディスカッションさせていただきます。
  • 　 2お見積
    注文内容の確認後、御見積と、ご記入いただく注文書のフォーマットをご案内いたします。
  • 　 3注文書記入・送付
    注文書に記入し、担当者宛にメール添付にてお送りください。
  • 　 4サンプル送付
    平日到着にてサンプルをお送りください。
    送付方法について詳しくは、次項「サンプル送付方法」をご確認ください。

 

サンプル送付方法

RNAサンプルは、到着まで凍結状態が維持されるよう、ドライアイスを充分量同梱してお送りください。
印刷した注文書を同梱し、下記宛に送付してください。

サンプル送付先

〒001-0932
北海道札幌市北区新川西2条1丁目2-1
北海道システム・サイエンス株式会社
解析チーム
TEL：(011)768-5903

  • ※　サンプル発送の際に、①到着予定日、②輸送会社名、③追跡番号をE-mailにてお知らせください。
  • ※　誠に勝手ながら、土・日・祝日の受け取りは行っていませんので、平日（9時～18時）着となるように送付してください。

 

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