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遺伝子発現解析（リファレンス配列のある生物）
解析概要
リファレンス配列が利用可能な生物を対象に、RNA-Seqデータを使用した遺伝子発現解析を行います。
RNA-seq解析では、mRNAを効率良く解析するため、Total RNAの中で多くの割合を占めるrRNAの除去が重要です。
弊社では、ご提供いただくTotal RNAから、Oligo-dTビーズ または Illumina社 Ribo-Zero Plus キットによるrRNA除去を行って、mRNAの網羅的なシーケンスを行います。
※ リファレンス配列の無い生物の解析については De novoトランスクリプトーム解析のページをご覧ください。
解析の流れ
推奨データ取得量
| シーケンス仕様 | Illumina 150PE |
| データ量 | 2,000万リードペア / 検体 |
※ データ取得量は、最低1Gb/検体（330万リードペア/検体）から、1Gb単位の任意のデータ量でご利用可能です。
解析メニュー
【遺伝子発現解析】(標準解析)
RNA-Seqデータを使用して、遺伝子発現量（TPM値）を算出します。
標準解析では、検体間・群間のFold Change算出まで実施します。有意差検定は別途オプションとなります。
＜ 特徴 ＞
● 遺伝子発現量の算出に特化した解析系
● 発現量はTPM値で算出
※ 本解析では、リファレンス配列に対するアライメント情報(BAMファイル)は出力されません。
※ アライメント情報(BAMファイル)をご希望の場合は、別途オプションでの添付も可能です。
＜ 納品データ例 ＞
■ 遺伝子発現テーブル
※ TPM値算出後、検体間・群間のFold Change算出まで実施いたします。有意差検定は別途オプションとなります。
■ 各種Figure（検体間の発現プロファイル比較）
【有意差検定】(オプション解析)
群間における遺伝子発現変動の有意差検定を行います。(n≧3 推奨)
＜ 納品データ例 ＞
■ 有意差検定結果
■ 各種Figure
【GO解析】(オプション解析)
発現変動遺伝子群と関連性の高いGO（Gene Ontology）を探索します。
＜ 納品データ例 ＞
※ ヒト・マウス以外の生物種の場合は事前にお問い合わせください。
【パスウェイ解析】(オプション解析)
発現変動遺伝子群と関連性の高い パスウェイ を探索します。
＜ 納品データ例 ＞
※ ヒト・マウス以外の生物種の場合は事前にお問い合わせください。
サンプル必要量
| 生物種 | 提供サンプル種別 | 総量 | 濃度 | 液量 |
| 真核生物 | total RNA | 600 ng 以上 | 20 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 |
| mRNA | 100 ng 以上 | 3 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | |
| 原核生物 | total RNA | 1.5 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 |
| mRNA | 100 ng 以上 | 3 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 |
