Primer Walking
品質の高いオリゴ合成技術を活かした迅速なシーケンスにより、低価格で早くお手元にシーケンスデータをお届けいたします。
『 PCR増幅 ～ シーケンス解析まで 』 一連の解析を完全サポート！
研究室専属のシーケンシング部門としてご活用ください。
Primer Walking
Primer Walkingサービスでは、DNAサンプルをご提供いただき、プライマーウォーキング法による 長鎖塩基配列を決定いたします。
解読した塩基配列から、随時、弊社にて迅速にプライマー設計・合成、シーケンス解析を行い、 質の高いデータの提供を行っております。
サービス内容
送付いただいたDNAサンプルを用いて、複数回のシーケンス解析を実施いたします。
解読した塩基配列からプライマー設計・合成、シーケンス反応という作業を繰り返し、長鎖のシーケンス解析を実施いたします。
片鎖解析 (SSS法)、両鎖解析(DSS法)のいずれかを、目的に応じてご選択いただけます。
■作業内容■
- 品質検査
- プライマー設計・合成
- シーケンス反応
- シーケンサーRUN
- データ確認
- アセンブルデータ作成
| 試薬： | BigDye Terminator v3.1 |
| 機器： | 3730xl DNA Analyzer |
- ※ 1回のシーケンス反応で解読できる平均鎖長は約500塩基です。ご希望の解析塩基数に応じて、必要数の解析を繰り返し実施いたします。
- 例）約3.0kbのPrimer Walking（SSS）をご希望の場合、通常、約6回（3,000bp÷500bp/回＝6回）のシーケンス反応を実施いたします。
納品
解析結果はウェブサイト経由および CD-R にて納品いたします。
| 納品物 | CD-R収録データ |
| ・弊社合成プライマー ・CD-R |
・塩基配列データ（txt形式） ・波形データ(Ab1形式) ・アセンブルデータ（txt形式） ・プライマー情報 |
- ※ 初めてご依頼いただくユーザー様には、無料でご利用いただける波形データ（Ab1形式） 閲覧用ソフトウエアのご案内をさせていただきます。
- ※ ご希望に応じて、解析の進行に合わせて１シーケンス反応で得られた結果をE-mailにて随時ご報告いたします。
- ※ ウェブサイトにアップロードしたデータは3か月ほどで消去されますのでご注意ください。
価格・納期
ご希望の解析塩基数に応じて、必要解析数が異なるため、価格・納期が変動いたします。
Primer Walking 解析に必要なプライマー設計、合成、シーケンス解析、および アセンブルまでを含めた金額です。
| 希望解析塩基数 | 片鎖（SSS） | 両鎖（DSS） | ||
| 価格 | 納期 | 価格 | 納期 | |
| 1.0kbp以下 | 22,000 | 約2週間 | 44,000 | 約2週間 |
| 1.5kbp以下 | 30,500 | 約3週間 | 61,000 | 約3週間 |
| 2.0kbp以下 | 39,000 | 78,000 | ||
| 2.5kbp以下 | 56,000 | 約１ヶ月 | 112,000 | 約１ヶ月半 |
| 3.0kbp以下 | 64,500 | 129,000 | ||
| 3.5kbp以下 | 73,000 | 146,000 | ||
| 4.0kbp以下 | 81,500 | 163,000 | ||
| 5.0kbp以下 | 107,000 | 約1ヶ月半 ～2ヶ月 |
214,000 | 約2ヶ月 ～2ヶ月半 |
| 6.0kbp以下 | 124,000 | 248,000 | ||
| 7.0kbp以下 | 149,500 | 299,000 | ||
| 8.0kbp以下 | 166,500 | 333,000 | ||
| 9.0kbp以下 | 192,000 | 384,000 | ||
| 10.0kbp以下 | 234,500 | 469,000 | ||
- ※ 納期は、サンプル数や解析状況等により変更となる場合がございます。目安としてお考えください。
- ※ 解析対象が既知配列の場合は、納期の短縮が可能です。ご相談ください。
解析に必要なもの
| DNAサンプル | プラスミド・・・濃度100～300ng/μL、必要量※1 |
| PCR産物・・・濃度20ng/μL以上、必要量※1,2 | |
| プライマー （カスタムプライマー） |
サンプルの種類に関わらず 濃度10μM、10μL以上 プライマーは初回解析に使用いたします。 （無償のユニバーサルプライマーを使用する場合は、こちらからご指定ください） |
| 電気泳動写真 | 同じゲル上にマーカーおよびサンプルを泳動し、泳動量を記したもの※3 |
| 注文書 | 弊社ホームページ上よりダウンロードしてください。※4 |
- ※1 DNAサンプルの送付量は、ご希望の解析塩基数により異なります。
サンプルは1回の反応で1～5μL使用いたします。
1回の反応で約500塩基解読できるものと仮定し、できる限り多目にご提供ください。 - ※2 PCR産物は、PCR反応後に精製を行ってください。
弊社でのサンプル精製をご希望の場合は、こちらでご確認ください。 - ※3 サンプルの濃度は、アガロース電気泳動による測定を推奨しております。
注文書と併せて電気泳動写真を送付いただく場合は、反応条件選定の参考にしております。電気泳動写真にはマーカー名、マーカー・サンプルのアプライ量の記載をお願いいたします。 - ※4 受託シーケンスサービス注文書の解析プランでPrimer Walking（SSS）か（DSS）をご選択ください。
関連サービス：小スケール解析（NGS Petit）
Primer Walking法は、既知配列を起点にシーケンシング用のプライマーを設計することで、配列を決定したい領域を確実に読み進めることができますが、一度の解析で読み進められる配列長は約500塩基と限られます。
そのため解析塩基長が長くなるにつれて、時間やコスト、解析に必要なサンプル量もおのずと多くなります。
そんな時は、Primer Walkingの代替法として次世代シーケンサーによる小スケール解析「NGS Petit」で効率の良い解析が可能です。
Primer Walkingと同じくアセンブル済みのコンティグデータでの納品も可能ですので、安心してご利用いただけます。
解析塩基長10kb以上のPrimer Walkingをご検討中の場合は、価格も安価に抑えられますので、ぜひご検討ください。
小スケール解析「NGS Petit」の詳細はこちら
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