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ショットガンメタゲノム解析
解析概要
様々な微生物が混在する環境試料から抽出されたゲノムDNAよりショットガンライブラリを作製し、網羅的なシーケンスを行うことで、試料中に存在する微生物の種類や機能遺伝子の状況を明らかにします。
メタゲノムDNA試料の中に含まれている培養困難な微生物やウイルスDNAの配列情報も取得可能です。
解析の流れ
解析仕様
| 使用機器 | Illumina NovaSeq 6000 |
| 読み取り方法 | Paired-End法（150bp x 2） |
| データ取得量 | 6Gb/検体（2000万リードペア/検体） 又は、12Gb/検体（4000万リードペア/検体）※1 |
| 作業内容 | サンプル品質検査、ライブラリ調製、シーケンス、データ解析 |
- ※1 データ取得量は、6Gb, 12Gb単位の2パターンを標準プランとしていますが、1Gb単位で任意変更可能です。ご希望がございましたら事前にお問い合わせください。
解析内容
- Data Pre-processing
Rawデータに対しQuality Controlと宿主データのフィルタリングを行い、有効データに変換します。
- Metagenome Assembly
メタゲノム解析に対応したアセンブルプログラムを使用し、各検体から取得したリードをアセンブルし、サンプル中に存在する生物種のゲノム断片配列を決定します。
- Gene Prediction and Abundance Analysis
MetaGeneMarkを使用し、遺伝子とタンパク質コード領域の検出を行います。検出後、重複遺伝子を排除して遺伝子カタログ（予測遺伝子の一覧）を構築します。
- Taxonomy Annotation (Micro NR)
メタゲノム配列内の遺伝子がmicroNRデータベースのどの生物種に属するのかを特定します。サンプル内の生物種の組成や分布を知ることができます。
- Function Annotation (KEGG / eggNOG / CAZy)
メタゲノム配列内の遺伝子がどのような機能を持つかを推定します。既存のデータベース（KEGG、eggNOG、CAZyなど）内の配列との類似性を評価します。
サンプル必要量
| ライブラリ調製方法 | 提供サンプル種別 | 総量 | 濃度 | 液量 |
| PCR-Plus | DNA | 500 ng 以上 | 10 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 |
| PCR-Free | 4 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 |
