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Iso-Seq 解析

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解析概要

PacBioシーケンサーを使用したRNA-Seq（Iso-Seq）では、真核生物において網羅的なmRNAの全長配列を決定することができます。

解析原理

mRNAを断片化せずにライブラリ化し、SMRT Cellの小孔で1分子のcDNAを繰り返しシーケンスします。 リードのコンセンサス配列が、トランスクリプトの 全長配列となります。

解析の流れ

推奨データ取得量

機種 Sequel または SequelⅡ
データ量 20Gb ～ 40Gb subreads / sample
  • ※ Sequel II による 20Gb, 30Gb, 40Gb の乗り合い解析プランがご利用いただけます。

解析メニュー

【トランスクリプト配列作成】
シーケンスデータからコンセンサス配列を作成し、poly Aなどの配列末端構造の確認、塩基補正工程を経て、高精度なトランスクリプト配列を作成します。

【アノテーション情報付与】
トランスクリプト配列に対して、既知遺伝子データベースを参照したBLAST検索を行い、相同遺伝子情報を付与します。

サンプル必要量

提供サンプル種別 総量 濃度 液量
total RNA 1.5 ug 以上 50 ng/uL 以上 30 uL 以上

よくある質問と回答

Q：遺伝子発現量を算出することはできますか
PacBioのシーケンス原理上、ライブラリのサイズにより取得データ量にバイアスが生じるため、PacBioのシーケンスデータを用いて遺伝子発現量を算出することはできません。
別途、IlluminaのRNA-Seqデータを取得し、PacBioで得られたトランスクリプト配列にマッピングすることで、各トランスクリプトの発現量を算出することができます。

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