微生物同定

微生物同定サービスでは、Applied Biosystemsの「MicroSeq® Kit」を用いて、バクテリアサンプルの16S rRNA遺伝子上流部(約500bp)の塩基配列に基づく、バクテリアの簡易同定を行います。

製品仕様

ご提供いただくバクテリアサンプルよりDNAを抽出後、16S rDNA Top500領域をPCRにより増幅します。得られたPCR産物はダイレクトシーケンスにより塩基配列を決定後、データベース上でBLAST検索を実施することにより、既知の微生物の16S rDNA配列との相同性検索を行い、近縁種と推定される微生物リストを作成いたします。

■作業内容■

  • バクテリアからのDNA抽出
  • 16S rDNA Top 500bp領域のPCR増幅
  • シーケンス解析 (両鎖)
  • 塩基配列データベース上でのBLAST検索
  • 同定結果報告

試 薬:
DNA抽出 PrepMan™ Ultra Sample Preparation Reagent
PCR増幅 MicroSeq® 500 16S rDNA PCR Kit
シーケンス MicroSeq® 500 16S rDNA Sequencing Kit

機 器:
3730xl DNA Analyzer
3130xl Genetic Analyzer

納品

解析結果は ウェブサイト経由にてご報告いたします。

納品データ

  • 作業報告書 (同定結果)  (PDF形式)
  • シーケンスデータ
    塩基配列データ(txt形式)、波形データ(Ab1形式)、アセンブルデータ(txt形式)
  • ※ ウェブサイトにアップロードしたデータは3か月ほどで消去されますのでご注意ください。
  • ※ データ数が多い場合、事前に納品方法に関して、ご相談させていただく場合がございます。

価格・納期

※単位:円 (税別)

サービス内容 価格 納 期
微生物同定 42,000 / 1検体 2週間~
  • ※ 検体数・解析状況等によりましては、納期を多くいただく場合がございます。
    注文本数が多い場合には、別途お問い合わせください。

注文方法

【1】HPより注文書をダウンロードしてください。

【2】注文書に必要事項をご記入の上、添付ファイルとしてE-mailをseq@hssnet.co.jp まで送信してください。

【3】メールにて送信後、サンプル、ご注文書原本等を併せて、下記宛に送付してください。ご送付の際は、「シーケンスサンプル在中」と明記いただけますよう、お願いいたします。

<サンプル送付先>
〒001-0932
札幌市北区新川西2条1丁目2-1
北海道システム・サイエンス株式会社
ライフサイエンス本部 解析チーム シーケンス担当

  • ※ 土・日・祝日はサンプルの受け取りを行っておりませんので、平日着となるよう送付してください。

解析に必要なもの

サンプル 培養検体・・・スラント、シャーレ、その他。※1
抽出済みDNA・・・PCR可能な精製レベルのもの。※2
電気泳動写真 同じゲル上にマーカーおよびサンプルを泳動し、泳動量を記したもの
注文書 弊社ホームページ上よりダウンロードしてください。
  • ※1 弊社では試料の単離作業は行っておりません。必ず純粋培養された菌株を送付してください。
  • ※2 病原性を有する、もしくは病原性を有する可能性のある微生物の受け入れは行っておりません。
    サンプルは抽出済みDNAの状態まで調製してください。
  • ※3 送付いただいたサンプルは、解析終了後、滅菌破棄いたします。
    サンプルの返却をご希望の場合は、必ず事前にご連絡ください。

注意事項

  • 本サービスは、バクテリアを対象としたKitを使用しているため、真菌類(酵母・カビ)を試料とした同定には対応しておりません。真菌類(酵母・カビ)の同定をご希望の場合は別途お問い合わせください。
  • バクテリアの種類によりましては、本サービスで使用しているKit が適合しない場合もございます。この場合、同定を行うことが困難となります。
    また、上記理由により、弊社にて作業が進行不可能と判断された場合は、実費分として¥7,000/1検体をご請求させていただき、解析を終了いたしますので、あらかじめご了承ください。
  • 送付いただいた試料の単離が不十分なために、シーケンス解析において塩基配列の特定が困難となってしまう場合は、全額ご請求となりますので、あらかじめご了承ください。
  • ご依頼いただくサンプルは、文部科学省の「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」(カルタヘナ法)におけるP1レベルのサンプルに限らせていただきます。
  • 病原性を有する、もしくは病原性を有する可能性のある微生物の受け入れは行っておりません。サンプルは抽出済みDNAの状態まで調製してください。
  • ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください
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