サンプル必要量

次世代シーケンス解析ご依頼の際に必要なサンプル量の目安となります。
サンプル量および品質が下記基準に満たない場合でも、解析可能な場合がございますので、事前にご相談ください

Illuminaシーケンス解析

提供サンプル種別 対応アプリケーション 総量 濃度 液量 注意事項
精製済みTotal RNA 真核生物 RNA-Seq ≧5 μg ≧50 ng / μL ≧40 μL ・濃度測定方法:*1参照
原核生物 RNA-Seq ≧6 μg ≧50 ng / μL ≧40 μL
メタトランスクリプトーム
Small RNA-Seq ≧6 μg ≧100 ng / μL ≧40 μL
精製済みゲノムDNA DNA-Seq ≧5 μg ≧50 ng / μL ≧40 μL ・濃度測定方法:*2参照
ヒトゲノム・ヒトエクソーム
メタゲノム
バイサルファイト ≧6 μg ≧50 ng / μL ≧40 μL
精製済みChIP-DNA ChIP-Seq ≧100 ng ≧5 ng / μL ≧20 μL ・濃度測定方法:*3参照
・推奨サイズ:100-500bp
精製済みゲノムDNA アンプリコンシーケンス
(微生物群集解析含む)
≧200 ng ≧10 ng / μL ≧20 μL ・濃度測定方法:*2参照
精製済み1st PCR産物 ≧5 ng ≧0.2 ng / μL ≧20 μL ・濃度測定方法:*2参照
・推奨サイズ:*5参照
精製済み2nd PCR産物 ≧150 ng ≧5 ng / μL ≧20 μL ・濃度測定方法:*2参照
・推奨サイズ:*5参照
調製済みライブラリ レーン単位でのシーケンス ≧200 ng ≧10nM ≧20 μL ・濃度測定方法:*2参照
・推奨インサートサイズ:200-400bp
(イルミナアダプターを除くサイズ)

PacBioシーケンス解析

提供サンプル種別 対応アプリケーション 機種 総量 濃度 液量 注意事項
精製済みゲノムDNA DNA-Seq Sequel ≧20 μg ≧200 ng / μL ≧50 μL ・濃度測定方法:*2 ,*3参照
・品質に関する注意事項:*4参照
SequelⅡ(CLR mode) ≧30 μg ≧200 ng / μL ≧50 μL
SequelⅡ(CCS mode) ≧60 μg ≧200 ng / μL ≧50 μL
精製済みPCR産物 Amplicon-Seq 全機種共通 ≧10 μg(*6) ≧200 ng / μL ≧50 μL ・濃度測定方法:*2 ,*3参照
・品質に関する注意事項:*4参照
精製済みTotal RNA Iso-Seq Sequel/SequelⅡ ≧ 12 μg ≧ 300 ng / μL ≧ 40 μL ・Nuclease Free Waterに溶解
・RIN値:9以上 推奨
  • *1 濃度測定については基本的に分光光度計で問題ございませんが、可能であれば Agilent 2100BioAnalyzer 等での事前チェックを推奨しております。
    (詳細は「Total_RNAサンプルQCガイド」をご参考ください。)
  • *2 分光光度計での測定は、遊離のヌクレオチド等の夾雑物を検出し、正確な値が出ない可能性がありますので、アガロースゲル電気泳動での既知濃度のDNAとのバンドの光強度比較での測定を推奨しております。(詳細は「ゲノムDNA_QCガイド」をご参考ください。)
  • *3 濃度測定については分光光度計では正確な値が得られない可能性がございますため、市販の2本鎖DNA定量キット
    (Invitrogen Qubit fluorometer および Quant-iT dsDNA kit等)での測定を推奨しております。
  • *4 PacBio 用ゲノム解析サンプルは、下記につきましてもご確認ください。
    • ・ DNAは、Tris Buffer または Nuclease Free Water に溶解してください。
    • ・ 二本鎖DNAであること。一本鎖DNAでのライブラリー調製はできません。
    • ・ 複数回の凍結融解を経ていないこと。
    • ・ OD260 / 280 の比が1.8から2.0であること。
    • ・ 不溶物を含まないこと。
    • ・ RNA混入がないこと。
    • ・ 挿入蛍光色素または紫外線放射にさらされていないこと。
    • ・ キレート剤(EDTA※)、二価金属カチオン( Mg2+ )、変性剤( グアニジン塩、フェノール )、または浄化剤( SDS、Triton-X100 )などが含まれていないこと。
      ※ライブラリ調製の前にサンプルの精製を実施いたしますので、EDTAは精製時に除去することが可能です。
    • ・ 組織( ヘム、フミン酸、ポリフェノール、多糖類など )からのキャリー・オーバーコンタミネーションがないこと。
  • *5 アンプリコンシーケンス解析サンプルのサイズにつきましては、下記をご確認ください。
    • ・ MiSeq300PEのシーケンスでは、インサートサイズ300-450bp程度を推奨しております。
      インサートサイズ約300-450bpに、弊社指定リンカー配列を付加した1st PCR産物の全長は約370-520bp、イルミナアダプター配列を付加した2nd PCR産物の全長は約420-570bpとなります。
    • ・ NovaSeq/HiSeq150PEのシーケンスでは、インサートサイズ200-250bp程度を推奨しております。
      インサートサイズ約200-250bpに、弊社指定リンカー配列を付加した1st PCR産物の全長は約270-320bp、イルミナアダプター配列を付加した2nd PCR産物の全長は約320-370bpとなります。
  • *6 PacBioを使用したAmplicon-Seqでは、アンプリコンのサイズによりサンプル必要量が異なります。詳細はお問い合わせください。
  • *7 Iso-Seqに関して、上記のサンプル必要量は、サンプル中の全mRNAを対象とした網羅解析における必要量となります。
    特定のmRNAを対象としてサイズセレクションを実施する場合は、サンプル必要量が異なりますので、お問い合わせください。

<注意事項>

  • ヒト由来試料 ( 汎用培養細胞等 は除く ) のサンプルは必ず匿名化してください。
    • ※ 厚生労働省 ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針 第7 用語の定義 22 用語の定義 (1)試料・情報 の定義に基づくもの。
  • 解析前にサンプルの品質検査を行います。
    • ※ 弊社推奨基準を満たさない場合、解析中止、もしくはサンプルの再提出をお願いすることがございます。
    • ※ 1解析につき、2回までの品質検査は解析費用内で対応いたします。
      3回目以降の品質検査費用につきましては、追加費用が発生いたします。あらかじめご了承ください。
      ( 依頼分のサンプル数 / 回 となります。依頼サンプル数が「1」で 2サンプル分の品質検査を一度に実施する場合でも、2回分のカウントとなりますのでご了承ください。)
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