PacBioアンプリコンシーケンス解析

解析概要

PacBioシーケンサーを使用したアンプリコンシーケンスでは、1~2kb程度のPCR産物の全長配列を決定することができます。

解析原理

PCR産物を断片化せずにライブラリ化し、SMRT Cellの小孔で1分子のcDNAを繰り返しシーケンスします。
1つの小孔で読まれたリードのコンセンサス配列をCCS(Circular Consensus Sequence)と呼びます。
CCSはPCR産物の全長配列情報となります。

解析の流れ

シーケンス仕様

機種 Sequel または SequelⅡ
データ量 1SMRT Cell あたりのスループットについてはこちらをご参照ください。

解析メニュー

【CCS作成】
シーケンスデータからCCS(Circular Consensus Sequence)を作成します。
【リードカウント】
CCSを対象として同一配列を集計し、検出されている配列の種類、および、各配列の出現数をカウントします。

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