サンプル必要量
次世代シーケンス解析ご依頼の際に必要なサンプル量の目安となります。
サンプル量および品質が下記基準に満たない場合でも、解析可能な場合がございますので、事前にご相談ください。
サンプル必要量
| 対応アプリケーション | 提供サンプル種別 | 総量 | 濃度 | 液量 | 注意事項 | ||
| ヒトゲノム解析 |
ホールゲノム シーケンス |
PCR-Plus | DNA |
500 ng 以上 | 10 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 |
| PCR-Free | 4 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| エクソームシーケンス | 2 ug 以上 | 10 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| ゲノムリシーケンス解析 （ヒト以外） |
PCR-Plus | DNA | 500 ng 以上 | 10 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 | |
| PCR-Free | 4 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| 微生物ゲノム 配列決定 |
ロングリード解析 | 高分子 DNA | 10 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 ・品質に関する注意事項：*4参照 |
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| ショートリード解析 | PCR-Plus | DNA | 500 ng 以上 | 10 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 | |
| PCR-Free | 4 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| 小スケール解析（NGS Petit） | DNA | 4 ug 以上 | 40 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 | ||
| 精製済 Long-PCR 産物 |
4 ug 以上 | 40 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 | |||
| 精製済PCR 産物 （～ 800 bp） |
～ 2 ug | ～ 20 ng/uL | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 ・PCR 産物のサイズにより必要な 総量が変わってまいります |
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| GRAS-Di®-ジェノタイピングシーケンス解析 | DNA | 50 ng 以上 | 2 ng/uL 以上 | 20 uL 以上 | |||
| リピートモチーフ検索 | DNA | 4 ug 以上 | 40 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 | ||
| 遺伝子発現解析 （リファレンス配列のある生物） |
真核生物 | total RNA | 600 ng 以上 | 20 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*1参照 | |
| mRNA | 100 ng 以上 | 3 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| 原核生物 | total RNA | 1.5 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*1参照 | ||
| mRNA | 100 ng 以上 | 3 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| Iso-Seq 解析 | 真核生物 | total RNA | 1.5 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*1参照 | |
| De novoトランスクリプトーム解析 | 真核生物 | total RNA | 600 ng 以上 | 20 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*1参照 | |
| mRNA | 100 ng 以上 | 3 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| 原核生物 | total RNA | 1.5 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*1参照 | ||
| mRNA | 100 ng 以上 | 3 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| Small RNA-Seq解析 | total RNA | 2 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*1参照 | ||
| small RNA | 60 ng 以上 | 2 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| 微生物群集解析 | DNA 抽出から | 汚泥 | – | – | 5 ～ 10 mL | ・保管/輸送温度：冷蔵 | |
| 土壌 | 1 ～ 5 g | – | – | ・保管/輸送温度：冷蔵 | |||
| 糞便 | 0.2 ～ 0.5 g | – | – | ・保管/輸送温度：冷凍 | |||
| 唾液 | – | – | 0.2 ～1 mL | ・保管/輸送温度：冷凍 | |||
| その他 | お問い合わせください | ||||||
| 1st PCR から | DNA | 150 ng 以上 | 5 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 | ||
| 2nd PCR から | 精製済 1st PCR 産物 |
5 ng 以上 | 0.2 ng/uL以上 | 20 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 ・推奨サイズ：*5参照 |
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| シーケンスから | 精製済 2nd PCR 産物 |
150 ng 以上 | 5 ng/uL 以上 | 20 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 ・推奨サイズ：*5参照 |
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| ショットガンメタゲノム解析 | PCR-Plus | DNA | 500 ng 以上 | 10 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 | |
| PCR-Free | 4 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ||||
| メタトランスクリプトーム解析 | total RNA | 1.5 ug 以上 | 50 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*1参照 | ||
| ChIP-Seq解析 | 精製済 ChIP-DNA |
20 ng 以上 | 1 ng/uL 以上 | 30 uL 以上 | ・濃度測定方法：*3参照 ・推奨サイズ：100 – 500 bp |
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| CRISPRスクリーニング解析 | 精製済 1st PCR 産物 |
5 ng 以上 | 0.2 ng/uL以上 | 20 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 ・推奨インサートサイズ ：200 – 400 bp ・gRNA領域：5’側の100bp以内 |
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| Illuminaアンプリコンシーケンス解析 | 精製済 1st PCR 産物 |
5 ng 以上 | 0.2 ng/uL以上 | 20 uL 以上 | ・濃度測定方法：*2 ,*3参照 ・推奨サイズ：*5参照 |
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| PacBioアンプリコンシーケンス解析 |
DNA | お問い合わせください | |||||
| 精製済 Long-PCR 産物 |
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＊1 濃度測定については基本的に分光光度計で問題ございませんが、可能であれば Agilent 2100BioAnalyzer 等での事前チェックを推奨しています。（詳細は「Total_RNAサンプルQCガイド」をご参考ください。）
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＊2 分光光度計での測定は、遊離のヌクレオチド等の夾雑物を検出し、正確な値が出ない可能性がありますので、アガロースゲル電気泳動での既知濃度のDNAとのバンドの光強度比較での測定を推奨しています。（詳細は「ゲノムDNA_QCガイド」をご参考ください。)
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＊3 濃度測定については分光光度計では正確な値が得られない可能性がございますため、市販の２本鎖DNA定量キット（Invitrogen Qubit fluorometer および Quant-iT dsDNA kit等）での測定を推奨しています。
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＊4 PacBio 用ゲノム解析サンプルは、下記につきましてもご確認ください。
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- ・ DNAは、Tris Buffer または Nuclease Free Water に溶解してください。
- ・ 二本鎖DNAであること。一本鎖DNAでのライブラリー調製はできません。
- ・ 複数回の凍結融解を経ていないこと。
- ・ OD260 / 280 の比が1.8から2.0であること。
- ・ 不溶物を含まないこと。
- ・ RNA混入がないこと。
- ・ 挿入蛍光色素または紫外線放射にさらされていないこと。
- ・ 組織（ ヘム、フミン酸、ポリフェノール、多糖類など ）からのキャリー・オーバーコンタミネーションがないこと。
- ・ キレート剤（EDTA※）、二価金属カチオン（ Mg2+ ）、変性剤（ グアニジン塩、フェノール ）、または浄化剤（ SDS、Triton-X100 ）などが含まれていないこと。
※ ライブラリ調製の前にサンプルの精製を実施いたしますので、EDTAは精製時に除去することが可能です。
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＊5 アンプリコンシーケンス解析サンプルのサイズにつきましては、下記をご確認ください。
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- ・ MiSeq300PEのシーケンスでは、インサートサイズ300-450bp程度を推奨しています。
インサートサイズ約300-450bpに、弊社指定リンカー配列を付加した1st PCR産物の全長は約370-520bp、イルミナアダプター配列を付加した2nd PCR産物の全長は約420-570bpとなります。 - ・ NovaSeq/HiSeq150PEのシーケンスでは、インサートサイズ200-250bp程度を推奨しています。
インサートサイズ約200-250bpに、弊社指定リンカー配列を付加した1st PCR産物の全長は約270-320bp、イルミナアダプター配列を付加した2nd PCR産物の全長は約320-370bpとなります。
- ・ MiSeq300PEのシーケンスでは、インサートサイズ300-450bp程度を推奨しています。
- ＊6 PacBioを使用したAmplicon-Seqでは、アンプリコンのサイズによりサンプル必要量が異なります。詳細はお問い合わせください。
- ＊7 Iso-Seqに関して、上記のサンプル必要量は、サンプル中の全mRNAを対象とした網羅解析における必要量となります。特定のmRNAを対象としてサイズセレクションを実施する場合は、サンプル必要量が異なりますので、お問い合わせください。
注意事項
- ヒト由来試料 （ 汎用培養細胞等※ は除く ） のサンプルは必ず匿名化してください。
- ※ 厚生労働省 ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針 第7 用語の定義 22 用語の定義 (１)試料・情報 の定義に基づくもの。
- 解析前にサンプルの品質検査を行います。
- ※ 弊社推奨基準を満たさない場合、解析中止、もしくはサンプルの再提出をお願いすることがございます。
- ※ 1解析につき、2回までの品質検査は解析費用内で対応いたします。
3回目以降の品質検査費用につきましては、追加費用が発生いたします。あらかじめご了承ください。
（ 依頼分のサンプル数 / 回 となります。依頼サンプル数が「1」で 2サンプル分の品質検査を一度に実施する場合でも、2回分のカウントとなりますのでご了承ください。）
