Illuminaアンプリコンシーケンス解析

解析概要

Illuminaシーケンサーを使用してPCR産物のディープシーケンスを行い、配列の種類と割合を集計します。

ご利用例

アプタマー探索、ファージディスプレイ、遺伝子多型解析、ゲノム編集領域の配列確認 など
※ CRISPRスクリーニング解析はこちらをご覧ください。

解析プラン

PCR産物のサイズに応じて解析プランをご選択ください。
PCR産物のサイズ 200bp〜250bp 250bp〜450bp
シーケンサー NovaSeq/HiSeq 150bp paired-end MiSeq 300bp paired-end
データ取得量の単位 330万リードペア(1Gb)/検体〜 10万リードペア(60Mb)/検体〜
PCR産物のサイズについて
※リンカー配列を除くサイズです。
200bp以下 シーケンスは可能ですが、データ量
保証を行っておりません。
250bp以下 左のプランをご利用ください。
200bp〜250bp 推奨サイズです。 250bp〜450bp 推奨サイズです。
250bp〜400bp シーケンスは可能ですが、Read1-
Read2が連結できなくなります。
450bp〜600bp シーケンスは可能ですが、Read1-
Read2が連結できなくなります。
※ 1リードペア=1分子のアンプリコンに相当

ご用意いただくサンプル

以下の条件をご確認の上、サンプルをご用意ください。
〇精製済みPCR産物の必要量:5ng(0.2ng/μl)以上
〇指定リンカー配列(右図参照)が付加されていること
〇プライマーや非特異的産物の除去が行われていること
[アンプリコンの配列構造]
※リンカー配列・プロトコル詳細はお問い合わせください。

解析ワークフロー

標準データ解析

【リードカウント解析】
各検体でRead1-Read2 を連結し、アンプリコン全長の同一配列集計を行います。
 
[リードカウント結果]

オプションデータ解析

【ターゲット解析】
@解析対象領域の切り出し
アンプリコン全長の中から、解析対象領域の塩基配列を切り出し、配列を再集計します。 保存配列を除去することで、多型配列の集計結果が見やすくなります。

Aアミノ酸への翻訳・集計
塩基配列をアミノ酸に翻訳し、アミノ酸配列のリードカウントを行います。

Bアライメント作成
リードカウント後の塩基配列やアミノ酸配列について、カウント数上位の配列を対象としてアライメントを作成します。 リファレンスの配列を含めてアライメントを作成することもできます。
 
【検体間比較テーブル作成】
各検体のリードカウント結果を統合し、検体間でカウント数を比較可能なテーブルを作成します。
[検体間比較テーブル]
【塩基頻度集計】
リードデータを使用して、リファレンス配列上の1 塩基ごとに、塩基(A・T・G・C)の頻度を算出します。
※ 変異間のフェージング情報は失われます。
[塩基頻度集計結果]
北海道システム・サイエンス株式会社
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