遺伝子発現解析(リファレンス配列のある生物)

遺伝子発現解析サービスが新しくなりました(TPM値算出)


解析概要

RNA-Seqデータを使用して遺伝子発現解析を行います。
※ リファレンス配列の無い生物の解析についてはこちらをご覧ください。

解析の流れ


推奨データ取得量

機種 Illumina NovaSeq(パッケージプラン
データ量 2,000万リードペア/検体

解析メニュー

【遺伝子発現解析】
RNA-Seqデータを使用して、遺伝子発現量(TPM値)を算出します。
標準解析では、検体間・群間のFold Change算出まで実施します。有意差検定は別途オプションとなります。

<ご案内>
遺伝子発現解析サービスをリニューアルしました。
○従来は発現量としてFPKM値を出力しておりましたが、新しい解析系ではTPM値を出力します。
 ・FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped)
 ・TPM(Transcripts Per Million)
○リファレンス配列に対するアライメント情報(BAMファイル)は出力されません。
【有意差検定】
群間における遺伝子発現変動の有意差検定を行います。(n≧3 推奨)
【GO解析】
発現変動遺伝子群と関連性の高いGO(Gene Ontology)を探索します。
【パスウェイ解析】
発現変動遺伝子群と関連性の高いパスウェイを探索します。

北海道システム・サイエンス株式会社
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