デジタルPCR受託解析

※新型コロナウイルス・インフルエンザウイルスを含むサンプルはお受入れできません
弊社では【SARS-CoV-2】および【Influenza A/B virus】のPCR検査用オリゴを製造しているため、鋳型となり得る核酸サンプルの受け入れを中止しております。何卒ご了承ください。

デジタルPCRは高感度・高精度に核酸を絶対定量することができます。Copy Number Variation(CNV)解析、SNP解析、遺伝子発現解析など、多様なアプリケーションに対応しています。次世代シーケンス・マイクロアレイの結果のバリデーションにもご利用いただけます。

■ デジタルPCR論文リストについて、こちらをご参照ください

製品仕様

  • 検出法はリアルタイムPCRプローブを用いたプローブ法となります。
  • 初めての場合は条件検討から承ります。アッセイ系構築後は本測定のみのサービスも可能です。
  • オプションでプローブの検索・設計や、RNA抽出、cDNA合成サービスもご利用いただけます。

Copy Number Variation (CNV) 解析

サービスフロー

Option1 プライマー/プローブ検索 ・ 設計

プライマー ・ プローブをお持ちでない場合、プローブの検索 ・ 設計サービスをぜひご利用ください。検索対象は主に TaqManTMAssays、または、PrimePCRTM ddPCRTM Assays となります。

  • TaqManTMAssays とは
    Thermo Fisher Scientific社より販売されている、デザイン済みのプライマー ・ プローブセットです。ヒト、マウス、ラット等、様々な生物種に対応しており、100万種類以上のコレクションが用意されています。
  • PrimePCRTM ddPCRTM Assays とは
    Bio-Rad社より販売されている、ddPCR用にプレデザインされたプライマー ・ プローブセットです。
  • サービスのご利用に必要な情報
    1. 対象の生物種
    2. アプリケーション
    3. ①ターゲット情報 (遺伝子名、参照データベース名、Accession、rs Number等)
      ②ターゲットの配列情報
      ※ ①または②のいずれか
    4. 測定法(1蛍光/1well または 2蛍光/1well)
      ※CNV解析、SNP解析は基本的に2蛍光/1well となります。
      遺伝子発現解析は 2蛍光/well の方が調製時の誤差やばらつきの影響を受けにくいというメリットがありますが、リファレンスとターゲットの発現量が103オーダーで異なる場合、同一well で両遺伝子をddPCRの適正測定範囲に収めることができないため、やむを得ず 1蛍光/well に変更になる場合がございます。あらかじめご了承ください。

Option2 デジタルPCR測定条件検討

検討には基本的にお客様のサンプルを使用いたします。貴重なサンプル等で検討でのロスを抑えたい場合は、同一手法で調製された別サンプル等で代用いただくことも可能です。

必要サンプル

 

サンプル種 品 質 品質検査項目
gDNA 1μg以上 OD260 / OD280 1.8以上 NanoDropによる吸光度測定
Qubitによる濃度測定
TapeStationによる品質検定
  • ※ 核酸はNuclease-free>必要量は実験内容によって異なりますので、上記は目安となります。微量サンプルやターゲット濃度が非常に低濃度であることが予測される場合、事前にご相談ください。
  • ※ 核酸はNuclease-free 水に溶解してください

SNP解析

サービスフロー

Option1 プライマー/プローブ検索 ・ 設計

プライマー ・ プローブをお持ちでない場合、プローブの検索 ・ 設計サービスをぜひご利用ください。検索対象は主に TaqManTMAssays、または、PrimePCRTM ddPCRTM Assays となります。

  • TaqManTMAssays とは
    Thermo Fisher Scientific社より販売されている、デザイン済みのプライマー ・ プローブセットです。ヒト、マウス、ラット等、様々な生物種に対応しており、100万種類以上のコレクションが用意されています。
  • PrimePCRTM ddPCRTM Assays とは
    Bio-Rad社より販売されている、ddPCR用にプレデザインされたプライマー ・ プローブセットです。
  • サービスのご利用に必要な情報ビスのご利用に必要な情報
    1. 対象の生物種
    2. アプリケーション
    3. ①ターゲット情報 (遺伝子名、参照データベース名、Accession、rs Number等)
      ②ターゲットの配列情報
      ※①または②のいずれか
    4. 測定法(1蛍光/1well または 2蛍光/1well)
      ※CNV解析、SNP解析は基本的に2蛍光/1well となります。
      遺伝子発現解析は 2蛍光/well の方が調製時の誤差やばらつきの影響を受けにくいというメリットがありますが、リファレンスとターゲットの発現量が103オーダーで異なる場合、同一well で両遺伝子をddPCRの適正測定範囲に収めることができないため、やむを得ず 1蛍光/well に変更になる場合がございます。あらかじめご了承ください。

Option2 制限酵素処理について

デジタルPCRサンプルにおける制限酵素処理には、下記のような効果があります。

①タンデムコピーの分離(右下図)
②粘性の低下によるテンプレートへのアクセス性の向上

CNV解析ではタンデムコピーを別々に検出する必要があるため、基本的に制限酵素処理がデフォルトのサービス内容に含まれます。

SNP解析ではオプションサービスとなります。変異の存在比率が非常に少ないことが見込まれるなど、持込みテンプレート量を多くしたい場合にご利用ください。制限酵素を処理しない場合、テンプレートの持ち込み量の上限は 66ng です。

Option3 デジタルPCR測定条件検討

検討には基本的にお客様のサンプルを使用いたします。貴重なサンプル等で検討でのロスを抑えたい場合は、同一手法で調製された別サンプル等で代用いただくことも可能です。

必要サンプル

サンプル種 品 質 品質検査項目
gDNA 1μg以上 OD260 / OD280 1.8以上 NanoDropによる吸光度測定
Qubitによる濃度測定
TapeStationによる品質検定
  • ※必要量は実験内容によって異なりますので、上記は目安となります。微量サンプルやターゲット濃度が非常に低濃度であることが予測される場合、事前にご相談ください。
  • ※核酸はNuclease-free 水に溶解してください。

遺伝子発現解析

サービスフロー

Option1 プライマー/プローブ検索 ・ 設計

プライマー ・ プローブをお持ちでない場合、プローブの検索 ・ 設計サービスをぜひご利用ください。検索対象は主に TaqManTMAssays、または、PrimePCRTM ddPCRTM Assays となります。

  • TaqManTMAssays とは
    Thermo Fisher Scientific社より販売されている、デザイン済みのプライマー ・ プローブセットです。ヒト、マウス、ラット等、様々な生物種に対応しており、100万種類以上のコレクションが用意されています。
  • PrimePCRTM ddPCRTM Assays とは
    Bio-Rad社より販売されている、ddPCR用にプレデザインされたプライマー ・ プローブセットです。
  • サービスのご利用に必要な情報
    1. 対象の生物種
    2. アプリケーション
    3. ①ターゲット情報 (遺伝子名、参照データベース名、Accession、rs Number等)
      ②ターゲットの配列情報
      ※ ①または②のいずれか
    4. 測定法(1蛍光/1well または 2蛍光/1well)
      ※CNV解析、SNP解析は基本的に2蛍光/1well となります。
      遺伝子発現解析は 2蛍光/well の方が調製時の誤差やばらつきの影響を受けにくいというメリットがありますが、リファレンスとターゲットの発現量が103オーダーで異なる場合、同一well で両遺伝子をddPCRの適正測定範囲に収めることができないため、やむを得ず 1蛍光/well に変更になる場合がございます。あらかじめご了承ください。

Option2 RNA抽出

オプションで組織 ・ 細胞からのRNA抽出から承ることが可能です。抽出作業にはQIAGEN社 Rneasyシリーズを使用します。

サンプル種 状 態
組織 重量 : 0.5 ~ 30mg 組織片を液体窒素で瞬間凍結
または、QIAzol (QIAGEN社)中でホモジナイズ
または、RNAlater (QIAGEN社)浸漬
細胞 細胞数 :5×105~3×106 細胞ペレットを液体窒素で瞬間凍結
または、Buffer RLT (QIAGEN社)に溶解
  • ※ RNAの分解や量の不足等、サンプルに起因する要因によって再度抽出する場合、追加の抽出料金が発生します。
    あらかじめご了承ください。

Option3 cDNA合成

cDNA合成後、リファレンス遺伝子のプライマー ・ プローブを使用して、問題なくPCRがかかるかチェックいたします

Option4 デジタルPCR測定条件検討

  • 検討には基本的にお客様のサンプルを使用いたします。貴重なサンプル等で検討でのロスを抑えたい場合は、同一手法で調製された別サンプル等で代用いただくことも可能です。
  • ターゲットとリファレンスの発現量が大きく異なり、デジタルPCRの適正測定範囲に収まらない場合、DuplexからSingleplexに測定方法の変更をご相談させていただく場合がございます。あらかじめご了承ください。

必要サンプル

サンプル種 品 質 品質検査項目
RNA 1μg以上 OD260 / OD280 1.8以上
OD260 / OD230 1.8以上
NanoDropによる吸光度測定
Bioanalyzerによる品質検定
cDNA 20μL以上
  • ※ 必要量は実験内容によって異なりますので、上記は目安となります。微量サンプルやターゲット濃度が非常に低濃度であることが予測される場合、事前にご相談ください。
  • ※ RNAは Nuclease-free水に溶解してください。

価格・納期

サービス名 納 期 価 格
デジタルPCR解析 2週間~ お問い合わせください
オプション
サービス
TaqManプローブ検索 ・ 設計 1週間~
RNA抽出 / 精製 ・ cDNA合成
デジタルPCR条件検討
  • ※ 納期はご注文内容 (検体数 ・ ターゲット数)によって変動いたします。

納品形式

  • デジタルPCR測定結果(グラフ ・ 実験内容のまとめ : PDF形式)
  • デジタルPCR測定結果(数値データ : xlsx形式)
  • 品質検査結果報告(PDF形式) ※ 実施時のみ
  • 作業報告書

注文方法

  1. 弊社ホームページよりご希望のアプリケーションに対応した 注文書(Excel ファイル)をダウンロードいただき、「注意事項」シートの内容をご確認ください。
  2. 「注文書」シートに必要事項をご記入の上、下記アドレスまでメール添付にて送信してください。
    注文書送付先 : bio@hssnet.co.jp
  3. サンプル、プライマー ・ プローブに注文書の印刷用紙を同梱し、下記宛てに送付してください。 RNA、cDNA、プライマー ・ プローブは、到着まで凍結状態が保持されるよう、ドライアイスを充分量(5kg程度)同梱してください。 gDNAは保冷剤またはドライアイスを同梱して送付してください。

(サンプル送付先)
〒001-0932
札幌市北区新川西2条1丁目2-1
北海道システム・サイエンス株式会社 解析部
TEL  : (011)768-5901
※ 「デジタルPCRサンプル在中」と明記してください。

  • ※ 受け取りは平日のみとさせていただいております。土・日・祝日は受入を行っておりませんのでご注意ください。

注意事項

  • サンプル品質に問題がみられた場合、再送をお願いすることがございます。品質検査が2回(解析サンプル数の2倍)を超過した場合、追加料金が発生しますのであらかじめご了承ください。
  • 製品の規格仕様 ・ サービス内容等につきまして、予告なく変更することがございます。
  • ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認の上、注文書にご記入ください。
    ※ 感染性のあるサンプル(HCV ・ HIVなど)の受け入れは弊社では行っておりません。
  • 本受託解析サービスは、試験研究を目的にご利用ください。その他の目的(医療品 ・ 食品の製造 ・ 品質管理や医療診断など)には使用しないでください。
  • ご注文の取り消しはサービス仕様上お受けできません。やむを得ない場合は実作業分の料金をご請求させていただきます。
  • データ保管期間は納品後6ヶ月です。
  • サンプル保管期間は納品後3ヶ月です。サンプルの返却をご希望される場合、「注文書」にて必ずご指定ください。
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