北海道システム・サイエンス
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製品・サービス情報
SNP解析
概要 サービス内容 納期・価格 注文方法 注意事項

■製品の特徴
概要
本サービスではPCR産物のダイレクトシーケンスにより塩基配列を決定し、予めご提供いただいた
リファレンス配列との配列比較を行いSNP部位を決定いたします。
その後、得られた波形チャートと併せて、結果をご報告いたします。

サービス内容
●ご提供いただくもの

精製済みPCR産物 10ng/μl以上 に調製いただき 1解析あたり20µL以上をご用意ください。
シーケンスプライマー(Forward,Reverse)
電気泳動写真
シーケンスの対象となる遺伝子情報(リファレンス配列、既知の変異情報等※1)
 

解析に必要となる前処理(PCR産物の精製、遺伝子増幅、プライマー設計・合成等)をご希望される場合は、各種オプション(別途料金)にてお引き受けしております。
詳細につきましては、ご相談ください。



●基本内容

  ・シーケンス反応
  Forward,Reverse Primerを使用したDouble Strand解析
  ↓
  ・データ解析
  専用ソフトウェアを使用した波形データの正確性評価、
  リファレンス配列との比較によるSNP部位の決定
  ↓
  ・結果のご報告
  解析結果はE-mail および CD-R にて納品いたします。
   波形データ(ABT形式)/ 塩基配列データ(TXT形式) 
   作業報告書 / SNP部位のレポート




●データ解析

送付いただいたPCR産物を用いてSingle Extensionによるシーケンス解析を実施。専用のソフトウェアを使用し詳細に解析後、結果をご報告いたします。



納期・価格
※単位:円 (税別)
価格 14,000 / 1検体
納期 2週間〜

1検体から承ります。
納期は検体数、作業内容によって変動します。
プライマーの設計・合成、目的領域の増幅等、ご要望に応じて各工程からもお引き受けが可能です。


注文方法
 注文書をダウンロードしていただき、必要項目にご記入の上、添付ファイルとしてE-mailをまで送信してください。
注文書送信後、必要項目をご確認の上、サンプル、プライマー、電気泳動写真、注文書を併せて、
下記まで送付してください。
なお、送付いただく際は、「SNP解析サンプル在中」と明記してくださいますよう、お願いいたします。

〒001-0932 札幌市北区新川西2条1丁目2-1
北海道システム・サイエンス株式会社
ライフサイエンス本部 解析部 シーケンスチーム
SNP解析サンプル在中

※ 土・日・祝日はサンプルの受け取りを行っておりませんので、平日着となるよう送付してください。


注意事項
病原性を有する、または有する可能性のある微生物、および分離源が臨床試料や動物由来の
微生物等についてはお引き受けしておりません。
解析試料はDNAの状態になったものに限ります。血液などの生体試料はお受けいたしておりません。
ご依頼いただくサンプルは、文部科学省が「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」(カルタヘナ法)におけるP1レベルのサンプルに限らせていただきます。
シーケンスプライマーの直下はデータの信頼性が低下いたしますので、予めご考慮いただきますようお願いいたします。
データの信頼性を得るため、シーケンス解析はForward,Reverse Primerを使用したDouble Strand
解析を行います。PCR産物のサイズは300bp-500bp程度を推奨しております。
リファレンス配列、既知のSNP情報は、必ず、電子ファイルにてご提供ください。
ご注文履歴のあるROI 配列に対しての解析をご希望される場合は、1検体からの追加ご注文が可能です。ご注文書に前回ご注文時の受注番号をご記入ください。
また、追加ご注文をご希望される場合、有効期限は3ヶ月以内(弊社データ保管期間内)とさせて
いただきます。予めご了承ください。
送付していただいたサンプルは、弊社にてアガロースゲル電気泳動による受け入れ検査を実施
いたします。受け入れ検査により解析が困難と思われる場合は、解析をお受けできない場合も
ございますので、予めご了承ください。

※1 リファレンス配列、既知変異情報の送付方法

リファレンス配列は比較対象となる塩基配列です。
対象となる遺伝子名、アクセッションNo、注目する領域(ROI:Region of Interest)の情報をご提供ください。
既知変異情報もございましたら、専用の入力シートにご記入の上ご注文ください。

<ROI、プライマー設計についての注意事項>




<既知変異情報の送付方法>

既知変異情報は、注文書に附属しております「既知変異情報入力シート」に、以下の記入方法に従い入力をお願いいたします。

シート記入方法

Type: BaseChange / insertion / deletion の 3種の内いずれかをご記入ください。
ROI: 変異が存在するROI名をご記入ください。(ROI が複数ある場合)
NT position:
Reference:
Variant:
(記入例)
@ 356-TGGCACGC-363 → 356-TGGAACGC-365  のBaseChangeの場合
  NTposition = 359 / Reference = C / Variant = A
A 356-TGGC|ACGC-363 → 356-TGGCTACGC-364  のinsertionの場合
  NTposition = 359 / Reference = C / Variant = T
B 356-TGGCACGC-363 → 356-TGG***GC-360  のdeletionの場合
  NTposition = 359 / Reference = C / Variant = 空欄
Description: 本欄のご記入内容は変異箇所検出時に付加情報として、変異一覧にて表示されます。
ご利用される場合は、使用しているソフト上の問題により、スペースの使用は避け、
半角英数のみでの入力をお願いいたします。



既知変異情報の記入例
既知変異情報入力シート
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