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■ SeqNova™ LS(Large memory Server) ■ 出張データ解析サービス
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  ・ ChIPシーケンス ■ お問い合わせ
  ・ mRNAシーケンス ■ 注意事項
  ・ small RNAシーケンス  
〜 面倒なデータ解析はHSSにお任せください! 〜
「次世代シーケンスのデータがどんなものか分からない。」 そんな声にお応えして、
デモデータ をご用意いたしました。
ご注文の前にデモデータを確認することができますので、お気軽にご相談ください。
詳しくは こちら をご覧ください。
SeqNova™ データ解析サービス
HSSでは独自の「SeqNova™データ解析 System」を構築し、次世代シーケンスデータをより有効にご活用頂ける解析サービスを併せてご提供しております。
実験系のご提案からその後の詳細なデータ処理までトータルサポートいたします。新規性の高い技術となりますので、ご希望の解析内容、実験目的などから最適な解析内容をご提案いたします。
ご遠慮なくご相談ください。
■ SeqNova™ LS(Large memory Server)
ゲノムサイズの大きな生物種のゲノム解析、自然環境のメタゲノム解析やメタトランスクリプトーム解析などでお困りではないですか?HSSでは次世代シーケンス解析のために大容量メモリを搭載した高機能サーバーを導入し、解析をお手伝いいたします。
次世代シーケンサーは、遺伝子発現解析、SNPなどの変異解析を行う上で非常に有効な解析ツールです。
しかし、ゲノム情報のない生物種のゲノム解析を行う場合、次世代シーケンサーから出力された短いリード配列を用いてゲノム配列の再構築をする必要があります(de novo アセンブル)。
de novo アセンブルはマッピングに比べて計算量が大きく、計算時間が長い上に大量のメモリを必要とします。
それは、de novo アセンブルを行うには全てのリード同士の組み合わせを網羅的に比較する必要があるためです。そのため、アセンブルの計算量は断片数と断片長に依存して増大していくため、ゲノムサイズの大きな生物種や多種生物ゲノムが混じった環境サンプルなどでは凄まじい計算量を要することになります。
弊社ではヒトサイズゲノム生物のde novo アセンブルを行うことが可能な国内最大級の解析サーバーをご用意して皆様のご利用をお待ちしております。
下記「○」を提供しております。
  ゲノム
シーケンス
ChIP
シーケンス
mRNA
シーケンス
small RNA
シーケンス
マッピング
SNP候補検索      
変異解析      
頻度解析  
de novoアセンブル    
アノテーション付加
検体間比較
二次構造予測      
専用ビューアー向けデータ加工
※アノテーション付加の例
ゲノムシーケンス :遺伝子予測、BLAST検索 等 mRNAシーケンス :BLAST検索 等
ChIPシーケンス :周囲遺伝子情報の取得  等 small RNAシーケンス :BLAST検索 等
対応機種
Illumina 社 : HiSeq 2500 / MiSeq
解析例
■ ゲノムシーケンス
【A】de novoシーケンス (未知ゲノムのシーケンス) :ゲノム配列の決定
【B】リシーケンス (既知ゲノムのシーケンス) :SNP解析、Insertion/Deletion解析、構造
 変異解析 etc.
【C】[応用解析] RED-Seq / QLT-Seq :マーカー検索、Genotyping
【A】 de novoシーケンス(未知ゲノムのシーケンス)
シーケンスデータのde novo アセンブリによるコンセンサス配列(Contig/Scaffold)の出力を行います。
■@ シーケンスデータのアセンブリ
 
1.Contig/Scaffold 配列データの出力
■A アノテーション付加
Contig/Scaffold配列に対して、ORF予測・BLAST検索等によるアノテーション(注釈付け)を行います。

1.ORF予測・予想アミノ酸配列の出力
 
2.BLAST検索
【B】 リシーケンス(既知ゲノムのシーケンス)
参照ゲノム配列へのアラインメントによる変異(SNP・塩基レベルでのInsertion/Deletion)の検出を行います。
■@ マッピング:シーケンスデータの参照ゲノム配列へのアライメント
1.アラインメントテーブルの出力(例:SAM形式)
    各リードのアラインメント位置・方向等の詳細テーブルを出力
 
 
2.アラインメントテーブルを”Viewer”ソフトに取り込むことで、 各リードのマッピング状況の詳細を視覚的に
    確認可能です。
 
■A 変異候補リスト出力
マッピング結果のアラインメント情報から、変異候補の抽出を行います。
染色体のどの位置でどのような変異が起こっているかをリスト化します。
複数検体の比較テーブル作成も可能です。
 
【C】 [応用解析] RED-Seq / QLT-Seq
マーカー検索、Genotyping
■RAD-Seq
RAD-SeqはRestriction Site Associated DNA Sequence の略で、次世代シーケンシ ング技術を用いた制限酵素認識サイト近隣領域を解析する手法です。
RAD marker探索、Genotyping、QTL解析などの目的で利用されています。
 
■QTL-Seq
QTL-Seq(量的形質遺伝子座)とは、マーカーとの連鎖を利用してQTLの染色体上の位置と遺伝効果を
推定する方法です。
最近、次世代シーケンサーを利用して量的形質原因遺伝子座を迅速に特定できる方法であるQTL-Seq
(Plant J. 2013 Apr;74(1):174-83. )が開発され、育種のみならず遺伝病などの原因遺伝子座の探索等に
利用され始めています。
 
【A】 頻度解析 ・ 近傍遺伝子の検出
■@ マッピング
  シーケンスデータの参照ゲノム配列へのアライメント

1.アラインメントテーブルの出力(例:Bowtie-output形式/SAM形式/BED形式)
  各リードのアラインメント位置・方向等の詳細テーブルを出力
■A 頻度解析
■B Viewerデータ作成
    アラインメントテーブルを”Viewer”ソフトに取り込むことで、 各リードのマッピング状況の詳細を視覚的に     確認可能です。
■ mRNAシーケンス
【A】 de novoシーケンス (未知 mRNAのシーケンス) : mRNA配列の網羅的決定
【B】 遺伝子発現解析 : 参照配列へのマッピングと発現定量
【C】 [応用解析] Fusion Gene解析 : 融合遺伝子検出
【A】 de novoシーケンス(未知 mRNA のシーケンス)
シーケンスデータのde novo アセンブリによるコンセンサス配列(推定 Transript配列)の出力を行います。
■@シーケンスデータのアセンブリ
mRNA-Seqデータのアセンブリでは、Isoform(spliced variant)の出力が可能です。

1.推定Transcripts(全推定isofrom)配列データの出力
■Aアノテーション付加
ゲノムシーケンス同様、推定Transcript配列に対して、BLAST検索等によるアノテーション(注釈付け)を
行います。
【B】 遺伝子発現解析
参照配列へのマッピングを行い、マップされたリードの本数を補正し発現量を算出します。
■@ マッピング
  シーケンスデータの参照ゲノム配列へのアライメント

1.アラインメントテーブルの出力(例:SAM形式)
  各リードのアラインメント位置・方向等の詳細テーブルを出力
 
2.アラインメントテーブルを”Viewer”ソフトに取り込むことで、各リードのマッピング状況の詳細を視覚的に
  確認可能です。
■A 発現定量
1.検体毎の発現定量
  マッピング結果のアラインメント情報から、各遺伝子・Spliced variant毎の発現量を補正数値化しテーブ
  ルとして出力します。
 
2.検体間比較
  各検体の発現量テーブルから、検体間比較テーブルを作成することも可能です。
【C】 [応用解析] Fusion Gene解析
融合遺伝子検出
■Fusion Gene解析
 
[図1. 候補遺伝子のリスト化例]
 
[図2. ビューワーへのインポート例]
Chunxiao Wu et al., GENES, CHROMOSOMES & CANCER 51:1144-1153 (2012)
■ small RNAシーケンス
【A】 発現解析 : 同一配列の集計、アノテーション付加
【B】 新規miRNA候補検出 : 参照ゲノム配列へのマッピング、2次構造予測
【A】 発現解析
同一配列を集計し、各配列の本数のテーブルを作成します。既知Databaseを使用したアノテーション付加も可能です。
■既知small RNA発現量テーブル作成
同一のsmall RNA配列をカウント・集計、各配列をmiRBase等のDatabaseの配列と照合し、アノテーションを
付加します。検体間比較テーブルの作成も可能です。
 
【B】 新規miRNA候補検出
既存のデータベースに相同配列が無い配列については、新規のsmall RNAの可能性がありますが、特に
miRNAについては予測が可能です。
■@ 参照ゲノム配列へのマッピング
  各配列を参照ゲノム配列に対しマッピング、ゲノム上の位置の同定(どの場所から発現しているか)を行
  います。
 
■A 前後配列からの2次構造予測
  マッピング位置周辺のゲノム配列を切り出し、2次構造予測(stem-loop構造をとるか)を行います。
 
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■ 出張データ解析サービス
次世代シーケンスデータをお持ちのお客様の所へ出張し、その場でディスカッションしながらデータ解析を行うサービスです。また、Web機能を用いてインターネット上でディスカッションしながら、データ解析作業を行う『オンラインSeqNova™』も可能です。
次世代シーケンサーをお持ちの施設では、お客様の所へ弊社技術者を派遣し次世代シーケンサーの稼動およびデータ解析を行うサービスもございます。
実際にお持ちの機器を用いて解析を行いますので、解析作業もご覧いただけます。お気軽にご相談ください。
ご依頼方法
お問い合わせ    事前に解析内容のお打ち合わせの上、ご依頼を頂きますようお願いいたします。
下記お問い合わせフォームより、解析内容などをお知らせください。
お問い合わせフォームはこちら
解析内容ご相談 ご依頼受理後、折り返しアップロード先などのご連絡を差し上げます。
DVD等の記憶媒体に関しましては、下記あて先までお送りいただきますよう
お願いたします。
ご依頼
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送付先:〒001-0932 札幌市北区新川西2条1丁目2-1
     北海道システム・サイエンス株式会社
     解析部 次世代シーケンス解析サービス担当
     TEL:011-768-5903
データ解析
納品
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  を負いかねます。
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