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次世代シーケンスサンプル量

  次世代シーケンス解析ご依頼の際に必要なサンプル量の目安となります。
サンプル量および品質が下記基準に満たない場合でも、解析可能な場合がございます。
予めご相談ください
 
 
アプリケーション サンプル種別 必要量 濃度 RIN値 rRNA
ratio
必要
サイズ
レンジ
備考
DNA-Seq(PCR-Plus) 精製済みゲノムDNA 1μg 40ng/μl以上 - - - *1
DNA-Seq(PCR-Free) 精製済みゲノムDNA 5μg 40ng/μl以上 - - - *1
mRNA-Seq
(方向性無し)
精製済みTotal RNA 5μg 40ng/μl以上 - - - *2,*5
精製済みmRNA 200ng 10ng/μl以上
mRNA増幅+mRNA-Seq
(方向性無し)
精製済みTotal RNA 50ng 2ng/μl以上 - - - *2,*5
Stranded mRNA-Seq
(方向性有り)
精製済みTotal RNA 5μg 40ng/μl以上 - - - *2,*6
精製済みmRNA 200ng 10ng/μl以上
rRNA除去+RNA-Seq
(方向性無し)
精製済みTotal RNA 10μg 200ng/μl以上 - - - *2,*4,*5
rRNA除去+Stranded RNA-Seq
(方向性有り)
精製済みTotal RNA 10μg 200ng/μl以上 - - - *2,*4,*6
smallRNA-Seq 精製済みTotal RNA 5μg 200ng/μl以上 - - - *2
精製済みsmall RNA 200ng 10ng/μl以上
ChIP-Seq 精製済みChIP-DNA 50ng 10ng/μl以上 - - 130〜180bp *3
SureSelect 精製済みゲノムDNA 5μg 40ng/μl以上 - - - *1
メイトペア(Gel-Plus)
*サイズ選択有
精製済みゲノムDNA 10μg 200ng/μl以上 - - - *1
メイトペア(Gel-Free)
*サイズ選択無
精製済みゲノムDNA 3μg 200ng/μl以上 - - - *1
16S メタゲノム 精製済みゲノムDNA 100ng 10ng/μl以上 - - - *1
精製済み1st PCR産物
(アダプタ付き)
5ng 0.2ng/μl以上 - - 約550bp *1
RuNのみ 精製済みPCR産物
(アダプタ付き)
150ng 5ng/μl以上 - - 1000bp未満 *1
PacBio_ゲノムDNA 精製済みゲノムDNA 20μg 150ng/μl以上 - - - *1,*3,*7
PacBio_Iso-Seq 精製済みTotal RNA 10μg以上 50ng/μl以上 8以上 1.8-2.0 - *2
 

*1: 分光光度計での測定は、遊離のヌクレオチド等の夾雑物を検出し、正確な値が出ない可能性が
ありますので、アガロースゲル電気泳動での既知濃度のDNAとのバンドの蛍光強度比較での測定
を推奨しております。
(詳細は「ゲノムDNA_QCガイド」をご参考ください。)

*2: 基本的に分光光度計で問題ございませんが、可能であれば
Agilent 2100BioAnalyzer等での事前チェックを推奨しております。
(詳細は「Total_RNAサンプルQCガイド」をご参考ください。)

*3: 分光光度計では正確な測定ができない可能性がございますため、
市販の2本鎖DNA定量キット(Qubit fluorometer および、Quant-iT dsDNA kit(Invitrogen社)など)
での測定を推奨しております。

*4: RiboZero処理後 RNA-Seq用ライブラリ調製を行います。

*5 : シーケンスデータに方向性がありません。
(1st鎖 cDNA(=Transcript相補鎖)/2nd鎖 cDNA(=Transcriptと同じ鎖)の
どちらのデータも混在いたします)

*6: シーケンスデータに方向性があります。
(得られるデータのほとんどが1st鎖cDNA(=Transcriptの相補鎖)のデータとなります)

*7:
PacBio 用ゲノム解析サンプルは、下記につきましてもご確認ください。
※1 二本鎖DNAであること。一本鎖DNAでのライブラリー調製はできません。
※2 複数回の凍結融解を経ていないこと。
※3 OD260/280の比が1.8から2.0であること。
※4 不溶物を含まないこと。
※5 RNA混入がないこと。
※6 挿入蛍光色素または紫外線放射にさらされていないこと。
※7 キレート剤(EDTA)、二価金属カチオン(Mg2+)、変性剤(グアニジ ン塩、フェノール)、
または浄化剤(SDS、Triton-X100)などが含まれていないこと。
※8 組織(ヘム、フミン酸、ポリフェノール、多糖類など)からのキャリー・オーバーコンタミネーションが
ないこと。

サンプルはNuclease Free Waterに溶解してください。
ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルの場合は、事前にご相談ください。
サンプルお預かり後、弊社においてサンプル受け入れ検査を行います。サンプルの濃度が希薄で
ある場合や分解が見られる場合等、作業中止もしくはサンプルの再提出をお願いすることがございます。予めご了承ください。
サンプル量が上記に満たない場合でも解析可能な場合がございます。ご相談ください。

ヒト由来試料 ( 汎用培養細胞等 は除く ) のサンプルは必ず匿名化してください。
厚生労働省 ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針 第6 用語の定義 16 用語の定義
(1) 試料等 の定義に基づくもの
解析前にサンプルの品質検査を行います。
※ 弊社推奨基準を満たさない場合、解析中止、もしくはサンプルの再提出をお願いすることがございます。
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